Hausser berkhidmat dalam Kempen Poland tahun 1939 sebagai seorang pemerhati dengan Divisyen Panzer Kempf (campuran Wehrmacht/SS). Pada Oktober 1939 SS-VT telah dibentuk sebagai divisyen infantri motorise dengan Hausser sebagai pemerintahnya. Beliau memimpin divisyen ini, kemudian dinamakan semula Divisyen Ke-2 Panzer SS Das Reich, dalam kempen Perancis tahun 1940 dan dalam peringkat awal Operasi Barbarossa. Untuk perkhidmatan beliau di Rusia, Hausser telah dianugerahi pingat Knight Cross of the Iron Cross pada tahun 1941 dan darjah Daun Oak pada tahun 1943 (beliau juga mendapat darjah Pedang untuk khidmatnya di Normandy) dan telah mengalami kecederaan parah, kehilangan mata kanan. Selepas pulih beliau memerintah Kor Panzer SS yang baru ditubuhkan (dinamakan semula Kor II SS Panzer pada Jun 1943) dan mengingkari arahan Hitler kerana mengundurkan tenteranya dari Kharkov bagi mengelakkan pengepungan, tetapi dapat menawan semula bandar itu pada Mac 1943. Beliau memimpin divisyen-divisyen 1, Ke-2 dan Ke-3 SS semasa Pertempuran Kursk. Selepas Kursk, Kornya telah diperbaharui (menggantikan Divisyen 1, Ke-2 dan Ke-3 SS Panzer dengan divisyen-divisyen Ke-9 dan Ke-10 SS) dan dihantar ke Itali, kemudian ke Perancis dimana beliau memerintahnya dalam peringkat awal Kempen Normandy. Selepas kematian Friedrich Dollmann (Panglima Tentera Darat Ke-7), Hausser telah diberi memerintah Ketumbukan tersebut. Sewaktu pengepungan Falaise, Hausser kekal bersama tenteranya sehingga beliau tercedera (ditembak pada rahang). Paul Hausser telah dinaikkan pangkat ke Oberst-Gruppenführer und Generaloberst der Waffen-SS pada Ogos 1944 dan kemudiannya memerintah Kumpulan Tentera Darat G dari 28 Januari hingga 3 April 1945. Beliau mengakhiri perang sebagai staf Generalfeldmarschall Albert Kesselring. Pada Perbicaraan Nuremberg beliau bersungguh-sungguh mempertahankan peranan tentera Waffen-SS dan menafikan ia terlibat dalam kekejaman jenayah perang.